Hampir sama dengan desa-desa di Kintamani pada umumnya, mayoritas masyarakat Desa Manikliyu bergelut dengan pertanian khususnya perkebunan dan peternakan. Produksi unggulan pertanian Desa Manikliyu adalah jeruk kintamani dan kopi arabika. Dimana dengan luas perkebunan jeruk dan kopi mencapai 200 ha lebih atau setengah lebih dari luas wilayah Manikliyu. Perkebunan kopi arabika yang dikembangkan petani Manikliyu memiliki keistimewaan dari wilayah lainnya. Bisa dikatakan demikian, karena dengan sistem tumpang sari yang diterapkan petani, kebun kopi diselingi tanaman jeruk sehingga menghasilkan kopi arabika rasa jeruk. Kopi rasa jeruk inilah yang menjadi daya tarik tersendiri bagi penikmat kopi arabika kintamani. Bahkan kopi aroma jeruk yang kita hasilkan, melalui kerjasama dengan eksportir PT. Indo Kapko Lampung cabang Tabanan, telah mengekspor ke beberapa negara seperti Jepang, Prancis, Amerika termasuk juga Australia.

              Jeruk Kintamani telah menjadi maskot Kintamani sejak era tahun 90-an. Bahkan dimasa keemasannya,  buah ini berhasil mengangkat taraf hidup warga Kintamani.  Salah satu daerah penghasil jeruk terbesar di Kintamani adalah Desa Manikliyu. Tanaman jeruk masuk di Desa Manikliyu pada tahun 1987, namun pada tahun itu belum banyak masyrakat yang mengenal tanaman ini. Seiring perjalanan waktu pada tahun 1998masyarakat mulai menanam jeruk, bahkan hampir 50% penduduk di Desa Manikliyu berkebun jeruk.

              Pada tahun ini masyarakat masih menggunakan tehnik pertanian yang sangat sederhana. pada tahun 2009 masyarakat sudah mulai mengunakan tehnik berkebun jeruk modern, mulai dari penanaman, pembibitan, kalkulasi biaya, dan penghitung hasil pun sudah menggunakan cara yang modern. Rata-rata penghasilan petani jeruk mulai dari 10 juta hingga 800 juta per tahunnya. Jeruk dari Desa Manikliyu ini di pasarkan tidak hanya di Bali, melainkan sudah mencapai pasar taraf nasional.

              Jenis jeruk yang ditanam di desa ini adalah Jeruk Siem, Keprok 55, dan Slayer. Jeruk siam merupakan anggota jeruk keprok, termasuk buah-buahan yang banyak mengandung vitamin C disamping vitamin-vitamin dan zat-zat mineral lainnya (Anonim, 1987). Diantara berbagai jenis jeruk, jeruk siem yang paling banyak mendapat perhatian, dimana diperkirakan pangsa pasar jeruk siam saat ini sekitar 60% dari semua jenis jeruk.

              Selain berkebun jeruk, masyarakat di Desa Manikliyu juga berkebun kopi. Kopi yang di budidayakan adalah kopi jenis Arabika dan Katek Kobra. Sebenarnya tanaman kopi sudah masuk di Desa Manikliyu jauh sebelum dikenalnya tanaman jeruk. Hanya saja, karena penghasilan buah kopi kurang menjanjikan, masyarakat lebih memilih membudayakan tanaman jeruk. 

              Berbicara mengenai Manikliyu tidak akan pernah ada habisnya. Selain terkenal dengan perkebunan jeruk, manikliyu juga memiliki potensi besar dalam peternakan, yaitu peternakan sapi, babi, dan ayam petelur. Masyarakat di desa ini juga memanfaatkan kotoran ternaknya untuk memupuk ladang.